Blast

Introducció#

Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) és l’eina principal de l’NCBI per comparar una seqüència d’ADN o proteïna amb altres seqüències de diverses bases de dades.

La cerca BLAST és una de les maneres fonamentals d’aprendre sobre una proteïna o un gen: la cerca revela quines seqüències relacionades estan presents en el mateix organisme i en altres organismes.

Blast+#

Els programes BLAST hostetjats al lloc web de NCBI són extremadament populars.

Com a alternativa, també pots utilitzar BLAST+, un conjunt d’executables de línia d’ordres per a ús local. Aquesta alternativa és molt interessant, ja que així pots configurar bases de dades personalitzades, fer cerques massives (és a dir, utilitzar un nombre molt gran de consultes), implementar estratègies de cerca complexes mitjançant scripts personalitzats o utilitzar el teu clúster d’ordinadors per millorar el rendiment.

En aquest enllaç tens el manual: BLAST Command Line Applications User Manual.

Entorno de trabajo#

Per treballar amb blast utilitzarem la imatge ncbi\blast.

Descarrega l’script blast.sh:

wget https://gitlab.com/xtec/bio-blast/-/raw/main/blast.sh
chmod u+x blast.sh

Executa l’script - el primer cop tardará més temps en executar-se perquè ha de descarregar la imatge:

./blast.sh

...
Status: Downloaded newer image for ncbi/blast:latest
root@8e54f06bb10e:/blast#

L’script també crea unes carpetes compartides entre el contenidor i la teva màquina:

ls blast
...

Per sortir del contenidor executa exit:

exit