Dades
Treballarem amb els formats textuals de seqüenciació d'ADN, ARN i proteïnes més habituals en bioinformàtica, el FASTA i el Genbank; i també repassarem d'altres de coneguts.
Introducció
Clona el projecte que hem preparat, que té tot el necessari per provar els exemples i activitats proposades.
Format FASTA
Probablement és el format de fitxer més utilitzat per a seqüències i un dels tipus de formats de fitxer més comuns en bioinformàtica.
El format de fitxer FASTA té els seus orígens en el programa FAST, utilitzat per a l’alineació de seqüències.
El format de fitxer es defineix simplement com un fitxer de text pla amb una o més entrades que consisteixen en una línia amb un símbol > seguit d’una línia de definició identificativa única, o defline, i una o més línies de dades de seqüència.
Crear un fitxer de text fasta és molt fàcil, tant en un editor de text pla com notepad o VSCode.
Podem crear un fitxer unifasta (una sola seqüència) que es digui uniseq.fasta amb l’editor VSCode, simplement copia el text i guarda’l.
>Seqüència aminoàcids de prova
MTHCP*MTI*O bé crear un fitxer multifasta (més d’una seqüència) anomenat sequences.fa des del terminal Linux:
>b
>c
Bingo! Ja tenim un fitxer multifasta :) amb les seqüències a, b i c.
El requisit fonamental és que el fitxer sigui plain text per tal que es pugui tractar amb qualsevol aplicació de processament de textos o llenguatge de programació.
Per tant, aquests fitxers es tracten millor en editors de text com nano, sublime o VSCode.
Per veure un fitxer FASTA des de la línia d’ordres sense editar-lo, pots fer servir l’aplicació cat.
>Seqüència
Estàs llegint una vista prèvia.
Inicia sessió amb Google per llegir la pàgina completa.
Inicia sessió amb GoogleAmb qualsevol compte de Google. Només et demanarem que acceptis les condicions del servei.