Gnina

Introducció#

https://github.com/gnina/gnina extensió del vina amb cnn (Convusional Neural Networks).

Avantatges.#

• GNINA millora AutoDock Vina amb deep learning.

• GNINA és una extensió d’AutoDock Vina que incorpora xarxes neuronals convolucionals (CNN) per millorar la predicció de les interaccions lligand-proteïna. Això el fa més precís que Vina en la predicció de les posicions d’unió (binding poses) i de les afinitats d’enllaç.

• Facilitat d’ús: Si coneixes AutoDock Vina, GNINA té un flux de treball similar.

• Integració amb altres eines: GNINA es pot integrar amb eines com PyMOL.

---

Entorn de treball#

Les GPU milloraran enormement el rendiment del docking i la seva representació 3D; sense aquestes els resultats triguen minuts

Un sistema és més estable quant menys energia té.

---

TODO#

Les tasques a fer són traslladar el codi que hi ha a Google Collab en format ipynb al nostre entorn local i transformar-lo en un projecte útil.

• gnina.ipynb
• Gnina_3ERK.ipynb
• Gnina_3ERK_v2.ipynb
• CACHE Challenge #1: Docking with GNINA Is All You Need